يضم المتحف المصري الكبير عدة أقسام متخصصة لتقديم تجربة متكاملة للزائرين، بحيث يغطي جميع جوانب الحضارة المصرية القديمة من خلال تنظيم علمي وحديث. من أبرز هذه الأقسام:
قسم مقتنيات توت عنخ آمون: يُعد من أهم أقسام المتحف، حيث يعرض المجموعة الكاملة لمقتنيات الملك الشاب لأول مرة في مكان واحد، بما في ذلك القناع الذهبي، التوابيت، العجلات الحربية، والكنوز الشخصية. يتيح هذا القسم للزوار فهم حياة الملك وأسرار عصره بشكل مفصل.
قسم تماثيل وعجلات: يضم تماثيل ضخمة للملوك والملكات، ومن أبرزها تمثال الملك رمسيس الثاني العملاق، بالإضافة إلى العجلات الحربية والمركبات المستخدمة في العصور الفرعونية، ما يوضح تطور الفنون العسكرية والرمزية في الحضارة المصرية.
قسم المومياوات والآثار الجنائزية: يضم مومياوات ملوك وملكات بارزين، بالإضافة إلى التوابيت والمقابر الصغيرة، مع شرح تفصيلي لتقنيات التحنيط والطقوس الجنائزية التي اتبعتها الحضارة المصرية القديمة.
قسم القطع اليومية والحياة الاجتماعية: يعرض هذا القسم الأدوات اليومية، والأواني، والحلي، والملابس، والنقوش، ليعطي الزائر صورة عن الحياة اليومية للقدماء المصريين وعاداتهم الاجتماعية والاقتصادية.
قسم الفن والهندسة المعمارية: يعرض القطع الفنية والنقوش والهياكل المعمارية الصغيرة التي توضح براعة المصريين القدماء في البناء والنحت والفنون الزخرفية.
المكتبة وقاعات المؤتمرات والمراكز البحثية: يشمل المتحف مركزًا للبحوث ودراسة الآثار، بالإضافة إلى مكتبة متخصصة وقاعات للمؤتمرات، ما يجعل المتحف مركزًا ثقافيًا وتعليميًا وليس مجرد مكان للعرض فقط.
الحدائق والمناظر الخارجية: يحتوي المتحف على حدائق ومناطق مفتوحة مزينة بالنباتات والتماثيل، مما يوفر بيئة جذابة للزوار ويربط المتحف بمحيطه الطبيعي وبأهرامات الجيزة القريبة.
مركز الترميم: يعد من أحدث وأكبر مراكز ترميم الآثار في العالم، حيث يتم فيه صيانة وترميم القطع الأثرية باستخدام أحدث التقنيات العلمية، ويعتبر هذا القسم جزءًا أساسيًا من المتحف للحفاظ على التراث المصري للأجيال القادمة.

يُعتبر المتحف المصري الكبير من أكبر المتاحف في العالم وأكثرها تنوعًا في عرض التراث المصري القديم، حيث يضم مجموعة هائلة من الآثار التي تتجاوز 100 ألف قطعة، موزعة على عدة أقسام متخصصة تهدف إلى تقديم تجربة تعليمية وثقافية متكاملة للزائر. يعتمد تقسيم المتحف على معايير زمنية وموضوعية، بحيث يتمكن الزائر من متابعة تطور الحضارة المصرية عبر العصور المختلفة بشكل منطقي ومتدرج. أول وأهم قسم في المتحف هو قسم آثار الملك توت عنخ آمون، الذي يُعد من أبرز الأقسام وأهمها، حيث يعرض لأول مرة جميع كنوز هذا الملك الشاب في مكان واحد. يضم القسم أكثر من 5 آلاف قطعة أثرية تشمل الذهب والمجوهرات والأسلحة والتماثيل الصغيرة، إضافة إلى الأواني والملابس الملكية. تم تصميم هذا القسم بحيث يُتيح للزائر استكشاف حياة توت عنخ آمون وعصره بشكل مفصل، مع استخدام وسائل عرض مبتكرة مثل الشاشات التفاعلية والإضاءة الذكية لتسليط الضوء على التفاصيل الدقيقة للقطع. ثانيًا، هناك قسم التماثيل الضخمة، الذي يعرض التماثيل الكبيرة للملوك والآلهة المصرية القديمة، مثل تمثال رمسيس الثاني الشهير، الذي تم نقله بعناية إلى المتحف. يتيح هذا القسم للزوار مشاهدة هذه التماثيل عن قرب وتقدير المهارة الفنية والتقنية التي اتسمت بها الحضارة المصرية القديمة. كما يحتوي القسم على أعمدة ضخمة ولوحات حجرية تحمل نقوشًا هيروغليفية، ما يجعله نافذة مباشرة على تاريخ العمارة والنحت في مصر القديمة. ثالثًا، يوجد قسم الآثار الملكية والفخارية، الذي يشمل المومياوات والآثار الجنائزية التي تم اكتشافها في مختلف المقابر الملكية، ويعرض الطرق التقليدية التي استخدمها المصريون القدماء في التحنيط والدفن. يتيح هذا القسم للزوار التعرف على طقوس الموت والحياة بعد الموت في مصر القديمة، كما يحتوي على معروضات تشرح تطور صناعة الفخار والمجوهرات والأدوات اليومية التي استخدمها الفراعنة والنبلاء. رابعًا، يُخصص قسم الحضارة المصرية القديمة العامة لعرض الحياة اليومية للشعب المصري القديم، بما في ذلك الزراعة، التجارة، الملابس، الأدوات المنزلية، والفنون الشعبية. يعكس هذا القسم كيف كانت تتفاعل الطبقات الاجتماعية المختلفة مع بعضها، ويتيح للزوار فهم الجوانب الاقتصادية والاجتماعية والثقافية للحضارة المصرية على مر العصور. بالإضافة إلى ذلك، يحتوي المتحف على قسم الحفريات والاكتشافات الحديثة، الذي يعرض القطع الأثرية المكتشفة حديثًا من مختلف مناطق مصر، بما في ذلك مناطق الجيزة، الأقصر، أسوان، وغيرها. ويهدف هذا القسم إلى إبراز أهمية البحث الأثري المستمر ودور مصر في إثراء المعرفة عن تاريخها الغني. كما يضم المتحف معامل الترميم والمعارض التعليمية، وهي أقسام مخصصة للعلماء والطلاب والزوار المهتمين بالبحث والدراسة، حيث يمكن متابعة عمليات صيانة الآثار وفهم التقنيات الحديثة المستخدمة في الترميم والحفاظ على التراث. وتشمل هذه المعامل تقنيات التحكم في الحرارة والرطوبة، وإزالة الأتربة، وترميم القطع المعدنية والخشبية والهياكل العظمية. إضافة إلى ذلك، هناك أقسام الخدمات والمرافق السياحية، مثل المطاعم، المقاهي، ومتاجر الهدايا، بالإضافة إلى مناطق استراحة للأطفال والعائلات. كل هذه الأقسام تهدف إلى توفير تجربة متكاملة للزائر، تجمع بين الثقافة، الترفيه، والتعليم. من حيث الترتيب المكاني، يبدأ الزائر رحلته عند المدخل الكبير مرورًا بـ"الدرج العظيم" الذي يربط بين أقسام المتحف المختلفة، ثم الانتقال إلى أقسام الملك توت عنخ آمون، التماثيل الضخمة، الحضارة العامة، المومياوات، والمعارض التفاعلية، ما يجعل تجربة الزيارة متسلسلة ومنظمة. في المجمل، يمثل المتحف المصري الكبير منظومة متكاملة من الأقسام المتخصصة التي تقدم رحلة شاملة عبر الزمن المصري القديم، تجمع بين الترفيه والتعليم، وتتيح للزوار اكتشاف حضارة مصر العريقة بشكل منهجي، مع الحفاظ على التراث وتعزيز البحث العلمي، ليصبح المتحف وجهة ثقافية وسياحية عالمية.