يمتد المتحف المصري الكبير على مساحة إجمالية تصل إلى حوالي 500 ألف متر مربع، تشمل المبنى الرئيسي، قاعات العرض، الحدائق والساحات الخارجية، والمرافق الداعمة مثل مراكز الترميم والمختبرات، ومواقف السيارات والمناطق الخدمية. من هذه المساحة، حوالي 81 ألف متر مربع مخصصة لمساحات العرض الداخلية، مما يجعل المتحف الأكبر في العالم من حيث المساحة المخصصة للعرض الأثري.

الموقع على هضبة الجيزة يسمح للمتحف بالاستفادة من المناظر الطبيعية المحيطة، ويوفر اتصالًا بصريًا مباشرًا مع أهرامات الجيزة الثلاثة، مما يربط بين المتحف والمعالم التاريخية بطريقة فريدة.